小蜜蜂bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族成員鑒定

9159字 30頁 原創(chuàng)作品，已通過查重系統(tǒng)


摘要
bHLH（basic helix-loop-helix 堿性螺旋-環(huán)-螺旋）轉(zhuǎn)錄因子在生長發(fā)育調(diào)控過程中起著重要的作用。動(dòng)物bHLH因其調(diào)控基因表達(dá)的功能不同而被分成45個(gè)家族；此外，根據(jù)它們所作用DNA元件和自身結(jié)構(gòu)特點(diǎn)又被分成6個(gè)組:A組參與調(diào)控神經(jīng)元發(fā)生、肌細(xì)胞生成等。B組參與著細(xì)胞增殖、脂肪細(xì)胞形成等。C組參與著氣管發(fā)育、激活環(huán)境毒素響應(yīng)的調(diào)控。E組的兩個(gè)家族參與調(diào)控胚胎分節(jié)、體節(jié)形成與器官發(fā)生等; F組僅有的1個(gè)家族參與著頭部發(fā)育、嗅覺細(xì)胞等。迄今為止，基因組中的bHLH家族成員已得到鑒定的生物共有20種動(dòng)物有17種、植物有2種、另外酵母也有1種。
小蜜蜂（Apis florea）基因組測序已經(jīng)完成，而其bHLH家族成員尚未得到鑒定。本研究對小蜜蜂基因組中bHLH基因家族成員進(jìn)行了分析，通過tBlastn用已知的45條bHLH轉(zhuǎn)錄因子的蛋白質(zhì)序列在小蜜蜂基因組內(nèi)進(jìn)行搜索，得到相關(guān)可能的序列后，進(jìn)行整理、比對、校正和分析，再與現(xiàn)已知的小蜜蜂蛋白質(zhì)序列庫中的數(shù)據(jù)進(jìn)行比對，最后通過構(gòu)建進(jìn)化樹進(jìn)行家族歸屬判斷，得出小蜜蜂基因組中具有41個(gè)編碼bHLH蛋白的區(qū)域，分別有20、10、6、2、2和1個(gè)成員分別屬于A、B、C、D、E和F組。此外，在小蜜蜂基因組中沒有發(fā)現(xiàn)E12/E47、MyoD、HAND、Delilah、SCL、Myc、USF、MITF、AP4、SRC、HIF及EMC家族bHLH蛋白編碼的基因區(qū)域。本研究為今后對小蜜蜂基因家族的研究做出了良好的鋪墊同時(shí)該研究也為深入分析小蜜蜂bHLH蛋白的結(jié)構(gòu)提供背景資料。

關(guān)鍵詞：堿性螺旋-環(huán)-螺旋轉(zhuǎn)錄因子；小蜜蜂(Apis florea)；基因組；系統(tǒng)進(jìn)化